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要查询手机号码是否由本人身份证办理，可以采取以下几种方法。
1、使用手机营业厅APP软件查询：登录手机营业厅APP软件并查询个人信息，即可查到本机号码的实名信息，如果手机号码已经绑定过身份证，运营商系统会有记录，进入“我的”菜单，点击“我的信息”，然后点击“我的实名登记”，即可查询本机号码是否实名认证以及实名认证信息。
2、直接联系运营商客服查询：拨打运营商客服电话，按照提示语音操作进行查询，或者转人工客服进行查询，移动客服拨打10086；联通客服拨打10010；电信客服拨打10000，此方法需要提供身份证号码等信息进行查询。
3、到当地营业厅查询：前往附近的运营商营业厅，携带身份证原件，向工作人员申请查询手机号码是否实名认证，此方法需要线下操作，可能需要花费一定的时间。
三种方法都可以用来查询手机号码是否由本人身份证办理，请注意保护个人隐私和信息安全，避免泄露个人信息，具体操作步骤可能会因地区和运营商的不同而有所差异，建议根据实际情况选择适合的方法进行查询。